Проблема. Ни одного вразумительного ответа нет.
Честней всех написал св.Иероним:

"Спрашивается, кто был этот Захария, сын Варахии, потому что мы имеем сведения о многих Захариях. Но чтобы нам не открылась легкая возможность впасть в заблуждение, присоединено: которого вы убили между храмом и жертвенником. У различных писателей я узнал различное, и должен изложить отдельные мнения.

1. Одни Захарией, сыном Варахии, называют того, который был одиннадцатым из двенадцати пророков, и с этим согласно имя его отца; но когда он был умерщвлен между храмом и жертвенником, об этом Писание не говорит.

2. Другие под Захарией разумеют отца Иоанна [Крестителя], основываясь на вымысле некоторых апокрифов; они утверждают, что этот Захария был убит потому, что проповедовал пришествие Спасителя. Так как это утверждение не имеет твердого основания в Священном Писании, то и отвергается оно с такой же легкостью, с какой доказывается.

3. Третьи предполагают, что это тот Захария, который был умерщвлен царем Иоасом между храмом и жертвенником, как сообщает повествование о царях. Но при этом необходимо иметь в виду, что тот Захария был сыном не Варахии, а сыном священника Иойада. Поэтому Священное Писание и присоединяет: Иоас не вспомнил об отце его Иойаде что он сделал ему добро.

Итак, хотя мы имеем и Захарию, и хотя относительно места убиения его замечается согласие, однако спрашивается, почему он называется сыном Варахии, а не Иойада? Варахия на нашем языке значит: благословенный Господа, а имя священника Иойад - праведность, в переводе с еврейского языка. В Евангелии, которым пользуются назареяне, мы находим вместо слов: сына Варахии слова: сына Иойада. Более простые братья из нас между развалинами храма и жертвенника или при входах во врата, ведущие в Силоам, показывают красные камни и воображают, что они окроплены кровью Захарии. Но не будем осуждать заблуждения их, происходящего из ненависти к иудеям и из благочестивой веры."

Короче говоря, вот именно поэтому и существуют четыре евангелия.
В данном случае, предпочтительней Лука.